El control interno contable comprende el plan de organización de todos los métodos y procedimientos cuya misión es salvaguardar los activos y la fiabilidad de los registros y sistemas contables.  Este control contable no sólo se refiere a normas de control con fundamento puro contable (documentación soporte de registros, conciliaciones bancarias, plan de cuentas, repaso de asientos, normas de valoración, etc.) sino también a todos aquellos procedimientos que, afectando a la situación financiera o al proceso informativo, no son operaciones estrictamente contables o de registro (autorizaciones de cobros y pagos, comprobación de inventarios, etc.).

El control interno administrativo se relaciona con normas y procedimientos relativos a la eficiencia operativa y a la adhesión a las políticas prescritas por la Dirección. Estos tipos de controles no tienen una incidencia concreta en lo estados financieros por corresponder a otro marco de la actividad del negocio, si bien pueden tener una repercusión en el área financiera- contable.

Debe tenerse en cuenta que el Sistema de Control Interno no es una oficina, es una actitud, un compromiso de todas y cada una de las personas de la organización, desde la gerencia hasta el nivel organizacional mas bajo, solo de esta manera se podrá obtener alertas a tiempo y un reporte sobre el bajo rendimiento de una gestión, y así la administración podrá volverse eficiente.